Onder leiding van bondscoach Bojan Prašnikar maakte Čeh zijn debuut voor het Sloveens voetbalelftal op 3 juni1992 in de vriendschappelijke interland tegen Estland (1-1). Hij droeg in dat duel de aanvoerdersband. Čeh speelde in totaal 74 interlands, en scoorde één keer voor zijn vaderland. Hij nam met Slovenië deel aan het EK voetbal 2000 en het WK voetbal 2002.